Boudou está imputado por incurrir en supuestas irregularidades en el manejo del Fondo de Garantía de Sustentabilidad de la ANSES, organismo que dirigió entre 2008 y 2009. El diputado Claudio Lozano denunció al vicepresidente en 2012. El legislador asegura que el desmanejo le costó al sistema previsional unos 4.200 millones de pesos.
La causa, caratulada como «Boudou Amado y otros sobre delito de acción pública«, estaba en manos de María Romilda Servini de Cubría, pero luego recayó en el juzgado de Norberto Oyarbide.